เรื่องราวทั้งหมดเริ่มต้นขึ้นในขณะที่ คามิโจ โทมะ กับอินเด็กซ์ ซึ่งกำลังเฝ้าดูลิฟท์โคจรอวกาศทีถูกสร้างขึ้นโดยเมืองแห่งการศึกษาทั้งคู่ ได้พบกับเมโกะ อาริสะ ซึ่งกำลังถูกสตีลจอมเวทของศาสนจักรอังกฤษเล่นงานเอาแต่ทำไมเหล่าจอมเวทจึง เล่นงานคนของเมืองแห่งการศึกษา จนในที่สุดหน่วยพิเศษของเมืองต้องออกโรงเพื่อปกป้องอาริสะและแล้วการเผชิญ หน้าระหว่างฝั่งเวทมนตร์กับวิทยาศาสตร์ รวมถึงพวกคามิโจเมืองแห่งการศึกษาได้เริ่มต้นขึ้นแล้ว…
